Outro fator importante para a execução de suas atividades, é a parceria com as seguintes entidades:
SEAGRI (Secretaria de Estado da Agricultura) órgão a que está vinculada, coordenador do Agronegócio de Rondônia
EMATER/RO (Associação de Assistência Técnica e Extensão Rural do Estado de Rondônia) importante parceiro na capacitação de recursos humanos da IDARON
DFDA-RO (Delegacia Federal do Desenvolvimento Agrário de Rondônia) principal financiador externo das ações da Agência
FEFA/RO (Fundo Emergencial da Febre Aftosa do Estado de Rondônia) importante parceiro na erradicação da febre aftosa em Rondônia
CRMV-RO (Conselho Regional de Medicina Veterinária de Rondônia) tem a finalidade de orientar e fiscalizar o exercício das profissões de médico-veterinário e zootecnista.
CFMV (Conselho Federal de Medicina Veterinária) a função do conselho é disciplinar, fiscalizar e orientar o exercício profissional dos Médicos Veterinários e Zootecnistas exercendo importante papel assessorando aos governos federais, estaduais e municipais nos assuntos afetos a essas profissões.
Embrapa atua fomentando a agricultura e pecuária nacional, através do desenvolvimento e transferência de novas tecnologias para os produtores nacionais.